A diferencia de la última generación de placas X299, la Prime X299-Deluxe II incluye soporte para CPUs Kaby Lake-X con hasta 18 núcleos, cuatro canales de memoria y 44 líneas PCIe.
La placa madre tiene disipadores de calor más robustos para maximizar la disipación térmica. El enfriamiento de las VRM tiene suficiente poder para empujar las CPU más allá de las velocidades stock, por si desean aún más rendimiento. Integra Ethernet 5 GbE, con el quíntuple de velocidad respecto a las usuales Gigabit Ethernet. Mantiene también conectividad WiFi 2×2 802.11 ac y Bluetooth para completar el soporte inalámbrico. Para el sonido cuenta con la tarjeta Cristal Sound 3 con 120 dB de salida y aislamiento respecto al PCB de la misma placa base para no interferir en el procesamiento de sonido.
La placa madre tienen en el centro una pantalla OLED que puede mostrar distinta información como velocidad de reloj del micro, temperaturas, voltajes o incluso logos personalizados (GIFs incluidos). Integra 3 tiras independientes de LEDs RGB, obviamente configurables y sincronizables con el software ASUS Aura SYNC.